6 Mart 1929 yılında Sohum’da doğdu. İlk ve orta öğrenimini Abhazya’da tamamladı. Moskova Kütüphanecilik Enstitüsü'nü bırakıp kaydolduğu Maksim Gorki Edebiyat Enstitüsü’nü 1954 yılında bitirdi. 1954-55 yıllarında "Branskiy Komsomolets", 1955-56 yılları arasında "Kurskaya Pravda"da, 1956 yılında Abhazya Devlet Yayınevi'nde çalıştı. 1989-1992 yıllarında Abhazya Özerk Cumhuriyeti milletvekili idi. Birçok gazetede yayın kurulu üyeliği yaptı. 1996-2001 yılları arasında Devlet Başkanlığı Kültür ve Sanat Kurulu üyesi oldu.

1989’da SSCB ödülü, 1992’de A. Tepfer Vakfı Puşkin ödülü, 1999’da Üstün Hizmet ödülü aldı. Norwich Üniversitesi (ABD) tarafından fahri doktor ünvanı verildi. Adı 1994'te Uluslararası Astronomi Birliği’nce yeni bulunan bir göktaşına verildi. Hicivleriyle tanındı.

1950 yılından itibaren Moskova’da yaşamını sürdüren Fazıl İskender 31 Temmuz 2016 günü vefat etti.